福建省审计厅设下列内设机构

一、省委审计委员会办公室秘书处

二、办公室

三、政研综合处

四、审理法规处

五、电子数据审计处

六、财政审计处

七、教科文卫审计处

八、农业农村审计处

九、固定资产投资审计处

十、社会保障审计处

十一、自然资源和生态环境审计处

十二、金融审计处

十三、涉外审计处

十四、经济责任审计处

十五、内部审计指导监督处

十六、重大政策落实跟踪审计处

十七、人事处

十八、机关党办

福建省审计厅设立10个派出审计处

一、宣传审计处

二、党群审计处

三、税收征管审计处

四、高校与医疗健康审计处

五、交通审计处

六、水利审计处

七、建设审计处

八、政法审计处

九、企业审计一处（中央属单位审计处）

十、企业审计二处

厅属事业单位

    一、省审计举报中心 

    二、省审计科研所 

    三、厅计算机应用中心 

派驻机构